Центральный сибирский ботанический сад СО РАН является центром интеграции ботанических и экологических исследований в Сибири. В Институте работают Совет ботанических садов Сибири, Совет по проблемам ботаники Сибири, Совет по особо охраняемым объектам растительного мира, Новосибирское отделение Российского ботанического общества.

ЦСБС СО РАН — коллективный член Международного совета ботанических садов. Сотрудники Института принимают участие в выполнении международных проектов с США, Италией, Финляндией, Канадой, Швецией, Китаем, рядом других стран.

Существенное место в деятельности Института занимает работа по подготовке высококвалифицированных кадров для научных учреждений и ВУЗов Сибири через аспирантуру и докторантуру. При Институте функционирует специализированный совет по защите докторских диссертаций по специальностям «Экология»и «Ботаника».

Сотрудниками ЦСБС получено более 70 авторских свидетельств и патентов на изобретения и сорта пищевых, лекарственных, декоративных растений.

В настоящее время созданы и создаются новые экспозиции: «Каменистая горка», «Сад непрерывного цветения» (520 видов), «Бонсай»в открытом грунте (150 выставочных экземпляров) и др. Дендрарий и лесопарк насчитывают 400 видов, 166 форм и гибридов, коллекции кормовых растений — 270 видов, лекарственных и пряно-ароматических растений — 350 видов, редких и исчезающих более 100 видов, декоративных растений — 428 видов, пищевых — 144 вида. В оранжереях представлено более 3000 видов тропических и субтропических растений. Имеется гербарий, насчитывающий 550 тысяч гербарных листов и семенотека, содержащая семена 1220 видов; большая коллекция лишайников и грибов.