Человек пожаловался что много места занимали пара ненужных папок, а при попытке удалить их руками — система переставала загружаться вовсе.

На самом деле  нужно было просто проделать следующие команды для $Windows.~BT  в командной строке:

takeown /F C:\$Windows.~BT\* /R /A 
icacls C:\$Windows.~BT\*.* /T /grant administrators:F 
rmdir /S /Q C:\$Windows.~BT\

и для $Windows.~WS соответственно:

takeown /F C:\$Windows.~WS\* /R /A 
icacls C:\$Windows.~WS\*.* /T /grant administrators:F 
rmdir /S /Q C:\$Windows.~WS\

всё просто!